Jangkitan dengan JEV memberikan kekebalan sepanjang hayat. Kesemua vaksin kini berasaskan visur genotype III. Otak tikus dinyahaktif menggunakan formalin menghasilkan virus pertama kali dihasilkan di Jepun pada 1930-an dan disahkan bagi penggunaan di Taiwan pada 1960-an dan di Thailand pada 1980-an. Penggunaan vaksin secara meluas dan pembangunan membantu mengawal penyakit ini di Jepun, Korea, Taiwan dan Singapore. Kos vaksin yang tinggi, yang diternak dalam tikus hidup, bererti negara miskin tidak mampu memberikannya sebagai sebahagian program imunisasi umum.

Kesan teruk biasa adalah merah dan sakit dikawasan suntikan. Jarang sekali, tindak balas urticarial boleh berlaku empat hari selepas suntikan. Disebabkan vaksin dihasilkan dari otak tikus, terdapat risiko kerumitan neurologikal pertahanan badan sekitar setiap 1 juta suntikan vaksin.

Antibodi peneuteral bertahan dalam kitaran bagi sekurang-kurangnya dua hingga tiga tahun, dan mungkin lebih lama..[2][3] Tempoh sebenar perlindungan tidak diketahui dengan tepat, tetapi disebabkan tiada bukti kukuh bagi perlindungan melebihi tiga tahun, penguat dicadangkan bagi setiap dua tahun bagi mereka yang berisiko.